Theo Quyết định, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn sẽ giao cho các cơ quan trực thuộc trực tiếp thực hiện các nhiệm vụ môi trường, cụ thể:
Viện Môi trường nông nghiệp - Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam được giao nhiệm vụ xây dựng bộ tiêu chí đánh giá mức độ cải thiện chất lượng môi trường và đa dạng sinh học cho vùng canh tác nông nghiệp hữu cơ vùng miền núi phía Bắc. Mục tiêu của nhiệm vụ này là: Đánh giá được mức độ cải thiện chất lượng đất, nước và đa dạng sinh học trong các vùng nông nghiệp hữu cơ so với sản xuất nông nghiệp thâm canh vùng miền núi phía Bắc; Xây dựng được bộ tiêu chí đánh giá mức độ cải thiện chất lượng môi trường (đất, nước) và đa dạng sinh học cho vùng canh tác nông nghiệp hữu cơ. Sản phẩm dự kiến của bộ tiêu chí này gồm: Báo cáo kết quả điều tra hiện trạng canh tác và phân tích chất lượng môi trường các vùng nông nghiệp hữu cơ so với sản xuất nông nghiệp thâm canh vùng miền núi phía Bắc; Bộ tiêu chí để đánh giá mức độ cải thiện chất lượng môi trường (đất, nước) và đa dạng sinh học cho vùng canh tác nông nghiệp hữu cơ; Hướng dẫn quy trình thực hành canh tác nông nghiệp hữu cơ cho cây chè và rau.
Trong khi đó, Viện Nước, Tưới tiêu và Môi trường-Viện Khoa học Thủy lợi có trách nhiệm triển khai xây dựng quy định quản lý bùn nạo vét từ kênh, mương và các công trình thủy lợi. Quy định này hướng đến mục tiêu đánh giá được chất lượng; tình hình quản lý bùn nạo vét từ kênh, mương và các công trình thủy lợi; đồng thời, đề xuất được nội dung quy định quản lý hiệu quả bùn nạo vét từ kênh, mương và các công trình thủy lợi trình Bộ ban hành. Sản phẩm dự kiến của nhiệm vụ này gồm: Báo cáo đánh giá, phân loại chất lượng bùn nạo vét, tình hình quản lý bùn nạo vét từ kênh, mương và các công trình thủy lợi; Giải pháp để quản lý và sử dụng có hiệu quả bùn nạo vét từ kênh, mương và các công trình thủy lợi; Quy định quản lý bùn nạo vét từ kênh, mương và các công trình thủy lợi của Bộ.
Ngoài ra, Học Viện Nông nghiệp Việt Nam được giao nhiệm vụ ứng dụng kỹ thuật kiểm toán chất thải để đánh giá tình hình ô nhiễm môi trường của các mô hình trang trại chăn nuôi lợn. Sản phẩm dự kiến của nhiệm vụ này gồm: Báo cáo phân tích và đánh giá tình hình ô nhiễm môi trường của các mô hình trang trại chăn nuôi lợn thông qua kỹ thuật kiểm toán chất thải; Sổ tay hướng dẫn quy trình chăn nuôi lợn ít phát sinh chất thải; 03 mô hình thí điểm áp dụng quy trình chăn nuôi lợn ít phát sinh chất thải cho quy mô nhỏ, vừa và lớn; Đào tạo, tập huấn kỹ thuật chăn nuôi lợn ít phát sinh chất thải (3 lớp x 30 người)…
