Theo thông tin từ cơ quan điều tra, Công an tỉnh Bắc Ninh, Công ty TNHH Đại Kim, tại khu Xuân Bình, phường Nhân Hòa, tỉnh Bắc Ninh do ông Nguyễn Văn San (SN 1977) làm Giám đốc đã ký hợp đồng hợp tác kinh doanh với Công ty TNHH Đầu tư xây dựng Thịnh Phát Bắc Giang, do ông Bùi Văn Hưng (SN 1978) làm Giám đốc, để cùng góp vốn tham gia đấu thầu dự án khu dân cư mới tại xã Bảo Sơn, huyện Lục Nam, tỉnh Bắc Giang (nay thuộc xã Bảo Đài, tỉnh Bắc Ninh).
Sau khi hợp tác, ông Hưng được bổ nhiệm làm Phó Giám đốc Công ty TNHH Đại Kim với thỏa thuận ăn chia lợi nhuận theo tỷ lệ góp vốn.

Đối tượng Nguyễn Văn San tại cơ quan điều tra. Ảnh: Công an tỉnh Bắc Ninh.
Vào tháng 11/2020, Công ty TNHH Đại Kim trúng đấu giá quyền sử dụng đất dự án khu dân cư mới tại xã Bảo Sơn, tổng diện tích 64.235,8 m². Khi được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt việc bán đất của dự án, ông San và ông Hưng đã thống nhất lập các hợp đồng chuyển nhượng quyền sử dụng đất và phiếu thu với giá trị thấp hơn so với giá bán thực tế.
Sau đó, công ty xuất hóa đơn giá trị gia tăng (GTGT) và kê khai doanh thu bán hàng với cơ quan thuế dựa trên giá trị thấp, nhằm giảm số tiền thuế phải nộp.
Cơ quan Cảnh sát điều tra xác định, Công ty TNHH Đại Kim đã ký 260 hợp đồng chuyển nhượng quyền sử dụng đất kèm phiếu thu. Trong quá trình kiểm tra, cơ quan điều tra phát hiện 206 hóa đơn GTGT của 103 lô đất được xuất với giá trị khai báo thấp hơn doanh thu thực tế. Hành vi này dẫn đến việc kê khai doanh thu và thuế GTGT thấp hơn thực tế, tổng số tiền chênh lệch giữa doanh thu thực tế và giá trên hóa đơn lên tới hơn 32,3 tỷ đồng, gây thiệt hại cho ngân sách Nhà nước hơn 2,929 tỷ đồng.
Trong quá trình điều tra, Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an tỉnh Bắc Ninh đã tiến hành thu thập tài liệu, chứng cứ, xác minh các giao dịch và phát hiện hành vi có hệ thống trong việc lập hợp đồng chuyển nhượng và xuất hóa đơn nhằm trốn thuế. Ông San trực tiếp chỉ đạo kế toán lập hóa đơn GTGT và kê khai doanh thu thấp hơn thực tế, còn ông Hưng tham gia quản lý, điều hành các giao dịch liên quan đến dự án, hưởng lợi từ việc trốn thuế.
Hiện Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an tỉnh Bắc Ninh đang tiếp tục điều tra, mở rộng vụ án.