Trong lúc trồng lúa Japonica cần nhổ bỏ lúa tạp (khách hàng chỉ chấp nhận lẫn loại gạo khác ở mức 1 - 2%).
Trước khi thu hoạch cần tiến hành cắt hoặc nhổ "lúa lạ" mọc xen trong lúa Nhật. Những cánh đồng mới chuyển từ lúa thường sang lúa Nhật phải tiến hành khử lẫn thật kỹ.
DN phải sấy lúa kịp thời, từ lúc cắt lúa tới khi sấy không quá 15 tiếng đồng hồ. Do hàm lượng đạm trong gạo Japonica cao nên hạt gạo tự phân hủy rất nhanh nếu sấy không kịp tạo mùi chua và ngả màu vàng.
Sấy đảo đều để tránh lớp dưới khô, lớp trên ướt (biến màu, ẩm vàng). Không sấy nóng quá nhanh làm răng gạo, gãy gạo. Nếu nông dân khử lẫn không đạt cần dùng sàn lưới bắt bớt hạt lẫn ra.
Xử lý mùi: Có 3 loại mùi thường xuất hiện. Mùi khói do đốt trấu, củi sấy lúa nên mùi khói áp vào lúa gạo. Cần lấy hơi nóng gián tiếp (khói đi 1 đường, hơi nóng đi 1 đường riêng để sấy lúa).
Mùi chua do sấy không kịp thời sau thu hoạch hoặc sấy không đều mẻ, lúa tự phân hủy, lên men tạo mùi chua biến màu vàng.
Mùi gạo cũ (mùi bao) do dự trữ lâu ngày trong bao.
Cần xay kỹ ngay từ đầu để không phải xử lý lại. Gạo sẽ đóng gói nhỏ bán vào siêu thị nên dễ phát hiện tạp chất, cần tách màu kỹ, qua 2 hoặc 3 máy sortexed. Gạo giàu đạm nên sâu, mọt rất dễ phát triển, nếu dự trữ lâu phải có biện pháp khử trùng trong quá trình bảo quản.
