Trung tâm Dịch vụ nông nghiệp có tư cách pháp nhân, con dấu riêng, được mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước và ngân hàng theo quy định. Trung tâm có chức năng cung cấp dịch vụ kỹ thuật trong lĩnh vực trồng trọt, bảo vệ thực vật, chăn nuôi, thú y, thủy sản; tư vấn, chuyển giao khoa học công nghệ nông nghiệp; trưng bày, giới thiệu, xúc tiến thương mại sản phẩm nông, lâm, thủy sản, đặc sản vùng miền, làng nghề, sản phẩm OCOP…
Trung tâm chịu sự quản lý toàn diện của Sở Nông nghiệp và Môi trường TP Hà Nội, đồng thời chịu sự hướng dẫn, kiểm tra chuyên môn từ các cơ quan chức năng có thẩm quyền.
Về tổ chức bộ máy, Trung tâm gồm 1 giám đốc, không quá 2 phó giám đốc, 4 phòng chuyên môn và 18 trạm dịch vụ nông nghiệp. Tổng biên chế hiện tại là 535 người, trong đó có 524 viên chức hưởng lương ngân sách và 11 hợp đồng lao động theo Nghị định 111/NĐ-CP.
Trung tâm được giao thực hiện 19 nhóm nhiệm vụ trọng tâm gồm: Dự báo và phòng chống dịch bệnh cây trồng, vật nuôi; giám sát vùng trồng phục vụ xuất khẩu; tổ chức hội chợ, xúc tiến thương mại nông sản; đào tạo, tập huấn, tư vấn kỹ thuật; khảo nghiệm giống cây trồng vật nuôi; cấp mã số vùng trồng, vùng nuôi; hỗ trợ sản xuất gắn với du lịch và làng nghề; phối hợp phòng chống thiên tai, khôi phục sản xuất; quản lý tài chính, tài sản, nhân sự theo phân cấp…
Việc kiện toàn tổ chức và chức năng của Trung tâm là bước đi quan trọng nhằm nâng cao hiệu quả hoạt động dịch vụ công trong lĩnh vực nông nghiệp, hướng đến nền nông nghiệp hiện đại, bền vững và hội nhập.