Theo bản cáo trạng, ngày 5/9/2012, UBND tỉnh Phú Yên ban hành thông báo thu hồi đất thực hiện giai đoạn 1 dự án đầu tư Nhà máy hóa lọc dầu Vũng Rô tại xã Hòa Tâm, huyện Đông Hòa (nay là thị xã Đông Hòa) do Công ty TNHH dầu khí Vũng Rô làm chủ đầu tư. UBND huyện Đông Hòa xác lập, thẩm định, phê duyệt và thực hiện phương án bồi thường, hỗ trợ và tái định cư cho 238 đối tượng thuộc diện giải tỏa với tổng số tiền hơn 95 tỷ đồng.
Ngày 23/2/2013, UBND tỉnh Phú Yên có thông báo kết luận của Chủ tịch UBND tỉnh Phú Yên về việc thông qua kế hoạch tổng thể triển khai dự án Nhà máy lọc dầu Vũng Rô và giao cho UBND huyện Đông Hòa lập, thẩm định, phê duyệt và thực hiện phương án bồi thường, hỗ trợ và tái định cư.
Sau đó, ngày 3/4/2013, ông Nguyễn Tài, Chủ tịch UBND huyện Đông Hòa ký quyết định số 229/QĐ-UBND thành lập Ban giải phóng mặt bằng dự án Nhà máy lọc dầu Vũng Rô gồm 14 thành viên do ông Huỳnh Ngọc Sương, Phó Chủ tịch UBND huyện Đông Hòa làm Trưởng ban.
Cáo trạng xác định, từ tháng 7/2013 – 4/2014, bị cáo Nguyễn Tài cùng 14 thuộc cấp và bị cáo Nguyễn Hữu Phí đã có hành vi thực hiện không đúng qui định của nhà nước trong việc đền bù, hỗ trợ dự án giải phóng mặt bằng như: Bồi thường về đất không đủ mật độ cây trồng, đất lấn chiếm, nhà cất trái phép cho 3 trường hợp; hỗ trợ chuyển đổi nghề nghiệp và tạo việc làm cho cán bộ đang công tác, cán bộ hưu trí, những người ở ngoài tỉnh, không trực tiếp sản xuất, không có hộ khẩu và không đăng ký tạm trú ở địa phương 9 trường hợp; lập hợp thức hồ sơ bồi thường, hỗ trợ diện tích đất nuôi trồng thủy sản vượt hạn mức cho 1 đối tượng, đứng tên 4 người khác để nhận tiền cao hơn so với quy định của pháp luật, làm thiệt hại Nhà nước số tiền hơn 9,2 tỷ đồng.
Liên quan đến những sai phạm trong công tác bồi thường giải phóng mặt bằng để thực hiện dự án Nhà máy lọc dầu Vũng Rô tại xã Hòa Tâm, huyện Đông Hòa (nay là thị xã Đông Hòa), từ ngày 14 đến ngày 16/11/2022, Tòa án nhân dân tỉnh Phú Yên đã mở phiên tòa hình sự sơ thẩm xét xử 16 bị cáo trong vụ án "Cố ý làm trái các quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng" và "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ".
Sau 3 ngày xét xử, Tòa tuyên 12 bị cáo phạm tội "Cố ý làm trái các quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng’; 4 bị cáo phạm 2 tội "Cố ý làm trái các quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng" và "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ".
Bị cáo Nguyễn Tài (59 tuổi), cựu Chủ tịch UBND huyện Đông Hòa là người phải nhận mức án cao nhất 7 năm tù. Bị cáo Huỳnh Ngọc Sương (62 tuổi), cựu Phó Chủ tịch UBND huyện Đông Hòa kiêm Trưởng Ban đền bù giải phóng mặt bằng dự án bị phạt 3 năm tù nhưng cho hưởng án treo. Bị cáo Nguyễn Kỳ Tổng, cựu Trưởng phòng Tài nguyên và Môi trường 2 năm 6 tháng tù nhưng cho hưởng án treo. Bị cáo Nguyễn Dương Tiến Hùng, cựu cán bộ Phòng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn huyện Đông Hòa 1 năm 3 tháng tù.
Bị cáo Nguyễn Trình Văn, cựu nhân viên Phòng Tài nguyên và Môi trường và Nguyễn Thị Huỳnh Dung, cựu chuyên viên Phòng Tài nguyên môi trường 1 năm tù. Bị cáo Dương Văn Nhân, cựu Phó Trưởng phòng Tài nguyên và Môi trường và Lê Văn Hoàng, cựu Chủ tịch UBND xã Hòa Tâm 2 năm tù cho hưởng án treo. Bị cáo Võ Tấn Vinh, cựu chuyên viên Phòng Tài chính huyện bị phạt 1 năm 6 tháng tù cho hưởng án treo. Bị cáo Nguyễn Văn Sơn, cựu nhân viên Phòng Tài nguyên và Môi trường; Huỳnh Công Dự, cựu nhân viên Phòng Kinh tế và Hạ tầng và Nguyễn Hữu Phí (người được hưởng lợi trong vụ án) cùng bị phạt 1 năm tù cho hưởng án treo.
Những bị cáo trên đã phạm tội "Cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng".
Các bị cáo Nguyễn Kích, cựu Giám đốc Trung tâm phát triển quỹ đất huyện Đông Hòa bị phạt 5 năm 6 tháng tù. Bị cáo Huỳnh Ngọc Thắng, cựu Phó Giám đốc Trung tâm phát triển quỹ đất huyện Đông Hòa bị phạt 4 năm 6 tháng tù. Bị cáo Bùi Xuân Quang, cựu nhân viên Trung tâm Phát triển quỹ đất huyện bị phạt 3 năm tù và Trần Trọng Duy, cựu nhân viên Trung tâm Phát triển quỹ đất huyện bị phạt 2 năm tù.
Những bị cáo này đã phạm 2 tội: "Cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng", theo quy định tại Điều 165 Bộ luật Hình sự năm 1999 (sửa đổi, bổ sung năm 2009) và tội "Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ", quy định tại Điều 356 Bộ luật Hình sự năm 2015.
