Nội dung được Chính phủ ban hành tại Nghị định 359/2025/NĐ-CP, có hiệu lực từ ngày 1/1/2026, sửa đổi một số điều của Nghị định 181/2025/NĐ-CP hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng.
Theo đó, nhóm hàng hóa được áp dụng gồm sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng và thủy sản đánh bắt, với điều kiện chưa chế biến thành sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường - thường được biết đến là nông sản thô.
Cửa hàng thực phẩm của Liên hiệp HTX Liên Thành cung cấp thực phẩm cho người tiêu dùng tại TP Đà Nẵng. Ảnh: Minh Trang.
Khi các sản phẩm này được mua bán giữa doanh nghiệp, hợp tác xã hoặc liên hiệp hợp tác xã với nhau ở khâu thương mại, bên bán không phải kê khai, không phải nộp thuế giá trị gia tăng. Điểm đáng chú ý là doanh nghiệp vẫn được khấu trừ toàn bộ thuế giá trị gia tăng đầu vào, thay vì rơi vào trạng thái “không được khấu trừ” như trước đây.
Quy định này tác động trực tiếp đến chuỗi thu mua, phân phối và chế biến nông sản. Trong nhiều năm, doanh nghiệp thu mua nông sản thô thường đứng giữa rủi ro. Nếu áp dụng thuế thì chi phí tăng, nếu không áp dụng thì không được khấu trừ đầu vào. Việc “gỡ” nghĩa vụ kê khai và nộp thuế ở khâu giao dịch giữa các pháp nhân giúp giảm chi phí tuân thủ, giảm áp lực dòng tiền và khuyến khích doanh nghiệp mở rộng liên kết với hợp tác xã, vùng nguyên liệu.
Nghị định cũng phân định rõ các trường hợp khác để tránh áp dụng tràn lan. Nếu doanh nghiệp nộp thuế theo phương pháp khấu trừ bán nông sản thô cho hộ, cá nhân sản xuất kinh doanh hoặc các tổ chức, cá nhân khác, giao dịch này vẫn phải áp dụng thuế suất 5%. Điều này giữ nguyên nguyên tắc đánh thuế đối với tiêu dùng cuối hoặc khu vực ngoài doanh nghiệp, đồng thời tránh việc lợi dụng chính sách để né thuế.
Với khu vực hộ cá thể và các tổ chức nộp thuế theo phương pháp trực tiếp, nghị định tiếp tục áp dụng cách tính quen thuộc nhưng làm rõ phạm vi. Khi hộ, cá nhân, doanh nghiệp hoặc hợp tác xã nộp thuế theo phương pháp trực tiếp bán nông sản thô ở khâu thương mại, thuế giá trị gia tăng phải nộp được tính 1% trên doanh thu. Mức này thấp hơn đáng kể so với thuế suất khấu trừ, phù hợp với đặc thù quy mô nhỏ và khả năng tuân thủ hạn chế của khu vực này.
Một điều chỉnh khác liên quan trực tiếp đến doanh nghiệp nông nghiệp là việc bãi bỏ khoản 3 Điều 37 và khoản 3 Điều 39 của Nghị định 181/2025/NĐ-CP. Hai quy định này trước đây gắn với một số điều kiện thủ tục trong kê khai và hoàn thuế, vốn bị phản ánh là làm kéo dài thời gian xử lý hồ sơ. Việc bãi bỏ giúp đơn giản hóa quy trình, đặc biệt với doanh nghiệp chế biến và xuất khẩu nông sản có tần suất hoàn thuế cao.
Nghị định cũng nêu rõ quy định chuyển tiếp. Cụ thể, các cơ sở kinh doanh đã nộp hồ sơ hoàn thuế trước ngày 1/1/2026 nhưng chưa được cơ quan thuế ban hành quyết định hoàn thuế hoặc hoàn thuế kiêm bù trừ sẽ không phải đáp ứng điều kiện người bán đã kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng đối với hóa đơn đầu vào. Đây là điểm tháo gỡ vướng mắc thực tế, khi nhiều doanh nghiệp bị ách hoàn thuế do lỗi hoặc chậm trễ từ phía đối tác trong chuỗi cung ứng.
Nhìn tổng thể, các điều chỉnh liên quan đến lĩnh vực nông nghiệp trong Nghị định 359/2025/NĐ-CP được đánh giá là phù hợp với thực tế tổ chức sản xuất nông nghiệp hiện nay, khi doanh nghiệp và hợp tác xã ngày càng đóng vai trò trung tâm trong liên kết chuỗi, còn hộ nông dân chủ yếu tham gia ở khâu sản xuất ban đầu.
Việc chính thức hóa cơ chế “không kê khai nhưng được khấu trừ” ở khâu mua bán nông sản thô được kỳ vọng sẽ thúc đẩy giao dịch chính thức, hạn chế mua bán qua trung gian phi chính thức, và tạo dư địa cho doanh nghiệp đầu tư dài hạn vào vùng nguyên liệu, chế biến và xuất khẩu thời gian tới.
