Sông Kim Sơn có nhiệm vụ cấp nước cho toàn hệ thống thuộc quản lý của Công ty Bắc Hưng Hải, trong khi các công trình tiêu nước thải gây ô nhiễm nước cho sông Kim Sơn như: Cống Xuân Thụy tiêu nước thải sinh hoạt cho quận Long Biên và nước thải Khu công nghiệp Sài Đồng, Thạch Bàn, Hanel và khoảng 1.200 điểm xả vào sông Cầu Bây và cống Ngọc Đà tiêu nước thải sinh hoạt cho một phần của huyện Gia Lâm, huyện Văn Lâm và các Khu công nghiệp Như Quỳnh A, Tân Quang, Cụm công nghiệp Phú Thị (Gia Lâm) thuộc quản lý của thuộc quản lý của Công ty Đầu tư Phát triển thủy lợi Hà Nội.
Công tác lấy mẫu của Viện Nước, Tưới tiêu và Môi trường.
Cống Phần Hà tiêu nước thải cho Khu công nghiệp dệt may Phố Nối thuộc quản lý Công ty Kỹ thuật công trình thủy lợi Hưng Yên. Cống Bình Lâu tiêu nước thải cho thành phố Hải Dương thuộc quản lý của Công ty Kỹ thuật công trình thủy lợi Hải Dương.
Do mỗi công trình tiêu nước thải thuộc quản lý của các địa phương khác nhau nên không có sự phối hợp trong vận hành để giảm thiểu ô nhiễm nước. Các công trình tiêu nước thải vẫn có thể hoạt động vào những thời điểm lấy nước phục vụ sản xuất nông nghiệp hoặc thời điểm hạn hán phải đóng cống Xuân Quan và Cầu Xe, An Thổ để trữ nước làm cho tình trạng ô nhiễm nước càng trầm trọng.
