UBND xã đến lập biên bản đình chỉ, yêu cầu Trường, Trọng, Minh… về trụ sở giải quyết nhưng họ không nghe. Gia đình anh Thuần ra ngăn cản thì bị hành hung rất dã man, bản thân Thuần bị đánh thành thương tật 25%. Những người này còn tràn vào nhà chị Đấu, chị Đức, chị dâu và chị gái Thuần, đập phá rất nhiều tài sản, đồ đạc…
Đúng 8 tháng sau, cơ quan CSĐT công an tỉnh Hà Tây ra quyết định khởi tố bị can đối với Nguyễn Trường Đại, Nguyễn Văn Nhân, Nguyễn Đức Thuận, ba người cháu của anh Thuần (Đại là công nhân, Nhân, Thuận là sinh viên) về tội “cố ý gây thương tích” cho những người chiếm ao, bắt tạm giam họ.
Kết luận điều tra (KLĐT) của cơ quan CSĐT công an tỉnh Hà Tây khẳng định trong lúc xô xát, Đại, Nhân,Thuận đã dùng axít phụt vào mắt Phạm Văn Dũng (cùng nhóm với Trường, Trọng...) làm Dũng tổn hại thị lực 66,8%, dùng hung khí đánh Phạm Văn Hùng, Hà Huy Trọng làm Hùng thương tích 15%, Trọng thương tích 0%. Cả ba bị VKSND tỉnh Hà Tây truy tố về tội “cố ý gây thương tích” theo khoản 3 điều 104 BLHS…
Ngay từ khi vụ án xảy ra, dư luận đã bức xúc về sự mờ ám, thiếu khách quan của các cơ quan pháp luật tỉnh Hà Tây. Tại sao những người chiếm đất, đập phá TSCD lại vô can? Tại sao nhân chứng trong vụ án lại đều là những người chiếm đất, đánh người? Báo NNVN đã có loạt bài phản ánh những vấn đề trên. Cho đến nay, vụ án đã qua bốn lần xét xử. Sáu luật sư (LS) thuộc ba văn phòng LS tại Hà Nội đã tình nguyện bảo vệ miễn phí cho Đại, Nhân, Thuận. Bản án sơ thẩm của TAND tỉnh Hà Tây tuyên Đại 8 năm tù, Nhân 24 tháng tù, Thuận 30 tháng tù. Cả ba chống án.
Bản án phúc thẩm do Toà phúc thẩm TANDTC tuyên huỷ án, giao cho cấp sơ thẩm điều tra, truy tố, xét xử lại vì “Không đủ căn cứ kết luận Đại, Nhân, Thuận có mặt ở ao cầu Nẩy lúc xẩy ra xô sát…cơ quan điều tra đã vi phạm nghiêm trọng bộ luật TTHS…”. KLĐT lần 2 của công an Hà Tây “không tìm thêm được gì mới”. Cáo trạng lần 2 của VKSND tỉnh Hà Tây vẫn nguyên như cũ. Phiên toà sơ thẩm lần 2 của TAND tỉnh Hà Tây (tức phiên toà thứ 3) tuyên Đại, Nhân, Thuận vô tội, yêu cầu VKSND tỉnh Hà Tây tiến hành bồi thường cho họ theo nghị quyết 388 của UBTVQH khoá 11. Lúc này, cả 3 đều đã bị tạm giam tới 24 tháng. Bản án của TAND tỉnh Hà Tây bị VKSND tỉnh Hà Tây kháng nghị, đề nghị toà phúc thẩm TANDTC xử phúc thẩm theo hướng tuyên Đại, Nhân, Thuận có tội. Và án phúc thẩm lần 2 của toà phúc thẩm TANDTC (phiên toà thứ 4) lại tuyên huỷ án, yêu cầu cấp sơ thẩm điều tra, truy tố, xét xử lại. Nghĩa là án sơ thẩm lần đầu tuyên ba bị cáo có tội bị cấp phúc thẩm huỷ, án sơ thẩm lần 2 tuyên họ vô tội…cũng bị cấp phúc thẩm huỷ (?).
Ngày 24/6/2008, cơ quan CSĐT công an tỉnh Hà Tây lại có bản KLĐT lần thứ 3. Lại vẫn bài bản cũ, những người chiếm đất, đánh người, huỷ hoại TSCD vẫn được bênh vực. “Nhân chứng” lại vẫn là những người chiếm đất. Lại “vẫn chưa tìm ra” kẻ đánh anh Thuần thành thương tật 25%, dù nhiều nhân chứng đã chỉ rõ chính Phạm Văn Dũng đã chém anh. Lần này, tuy không khẳng định Đại, Nhân, Thuận dùng axít gây thương tích 66,8% cho Phạm Văn Dũng nữa, nhưng KLĐT vẫn kết luận họ đã dùng hung khí gây thương tích 15% cho Phạm Văn Hùng, dù những lập luận trong KLĐT đầy mâu thuẫn…