Chương trình nhằm khai thác tiềm năng, lợi thế phát triển bền vững ngành Thủy sản, phấn đấu trở thành ngành sản xuất hàng hóa lớn, có cơ cấu và các hình thức tổ chức sản xuất hợp lý, có năng suất, chất lượng, hiệu quả và khả năng cạnh tranh cao, hội nhập vững chắc vào nền kinh tế quốc tế gắn với bảo vệ nguồn lợi, môi trường sinh thái, từng bước nâng cao thu nhập và mức sống của ngư dân và góp phần bảo vệ quốc phòng, an ninh trên các vùng biển, đảo của Tổ quốc.
Phấn đấu đến năm 2020 tốc độ tăng giá trị sản xuất thủy sản bình quân hằng năm đạt 6,0%; tổng sản lượng thủy sản đạt từ 6,5 đến 7 triệu tấn; giá trị xuất khẩu thủy sản đạt từ 8 đến 9 tỷ USD.
Một trong những nhiệm vụ của Chương trình là đầu tư phát triển nuôi trồng thủy sản. Theo đó, nội dung, nhiệm vụ đầu tư phát triển nuôi trồng thủy sản và giống thủy sản triển khai theo Nghị định số 67/2014/NĐ-CP ngày 07/7/2014 của Chính phủ về một số chính sách phát triển thủy sản và các Quyết định số 332/QĐ-TTg ngày 3/3/2011 của Thủ tướng Chính phủ phê duyệt Đề án phát triển nuôi trồng thủy sản đến 2020 và Quyết định số 2194/QĐ-TTg ngày 25/12/2009 của Thủ tướng Chính phủ phê duyệt Đề án giống cây nông, lâm nghiệp, giống vật nuôi và giống thủy sản đến năm 2020.
Cụ thể, nâng cao năng lực nghiên cứu, từng bước công nghiệp hóa, hiện đại hóa hệ thống sản xuất giống thủy sản hàng hóa, giống các đối tượng chủ lực (tôm sú, tôm thẻ chân trắng, cá tra, rô phi, ngao), trong đó, đầu tư hạ tầng cơ sở nghiên cứu, vùng sản xuất giống tập trung, phát triển đàn tôm bố mẹ, cá tra, rô phi chất lượng kháng bệnh.
Mở rộng ứng dụng thực hành nuôi trồng thủy sản tốt (GAP) các vùng nuôi thâm canh các đối tượng nuôi chủ lực, có cơ sở hạ tầng đồng bộ tại vùng đồng bằng sông Cửu Long, đồng bằng sông Hồng và các tỉnh duyên hải miền Trung với đối tượng nuôi chủ lực (cá tra, tôm lợ, nhuyễn thể, rô phi) để đảm bảo 100% cơ sở nuôi, vùng nuôi các đối tượng chủ lực đạt tiêu chuẩn tiên tiến về chất lượng và an toàn vệ sinh thực phẩm.
Đầu tư hạ tầng phát triển vùng nuôi biển phù hợp với điều kiện môi trường và kinh tế xã hội ở các vùng ven biển, đảo (tôm hùm, cá biển, nhuyễn thể một hai mảnh vỏ); đầu tư hệ thống quan trắc môi trường và cảnh báo dịch bệnh thủy sản (3 trung tâm tại 3 vùng).
Kiểm soát chất lượng và sử dụng hợp lý thức ăn, chế phẩm sinh học, thuốc hóa chất trong nuôi trồng thủy sản, cụ thể, đầu tư xây dựng Trung tâm kiểm định, kiểm nghiệm và khảo nghiệm vật tư, giống thủy sản cho nuôi trồng thủy sản theo yêu cầu thực tiễn, đảm bảo yêu cầu chung về năng lực của phòng thử nghiệm hợp chuẩn, hợp quy để phục vụ quản lý vật tư, giống đưa vào nuôi trồng thủy sản.
Về phát triển chế biến, thương mại thủy sản, phát triển chế biến sản phẩm có giá trị gia tăng từ nguyên liệu là các đối tượng nuôi và khai thác chủ lực có tỷ trọng lớn của Việt Nam; xây dựng và phát triển một số thương hiệu mạnh trước mắt là tôm, cá tra, nhuyễn thể, rô phi, cá ngừ đại dương; nâng cao chất lượng an toàn thực phẩm và bảo vệ môi trường; đồng thời khôi phục và phát triển các làng nghề chế biến thủy sản truyền thống; kiểm soát, quản lý chất lượng các sản phẩm chế biến thủy sản đáp ứng yêu cầu thị trường trong và ngoài nước; phát triển thị trường, tháo gỡ các rào cản thương mại.
Nhiệm vụ khác của Chương trình là đầu tư phát triển khai thác thủy sản; bảo vệ và phát triển nguồn lợi thủy sản.
