Kết quả khai quật bước đầu, các chuyên gia đã phát hiện những dấu tích kiến trúc cổ và nhiều hiện vật có giá trị. Theo nhận định sơ bộ, di tích phân bố trên khu vực rộng, với nhiều đơn nguyên kiến trúc chồng xếp, phản ánh sự phát triển liên tục qua các giai đoạn lịch sử khác nhau.

Đặc biệt, các hiện vật thu được phong phú về loại hình, đa dạng về hoa văn trang trí và có niên đại kéo dài từ thời Trần đến thời Nguyễn. Dấu tích kiến trúc bắt đầu xuất lộ từ độ sâu khoảng 20cm dưới lớp đất bề mặt, cung cấp thêm tư liệu quan trọng để xác định niên đại và vai trò lịch sử của ngôi chùa cổ Ba Tự, thuộc thôn Bó Củng, thị trấn Yên Phú, huyện Bắc Mê, tỉnh Hà Giang.

Hiện công tác khai quật và xử lý di tích đang tiếp tục được các chuyên gia Viện Khảo cổ học và cán bộ chuyên môn của tỉnh Hà Giang triển khai, nhằm bảo tồn và nghiên cứu sâu hơn về giá trị văn hóa, lịch sử.