Theo Tờ trình của Bộ Tài chính, mục tiêu xây dựng Nghị định mới thay thế NĐ 43 là tạo lộ trình xoá bỏ bao cấp Nhà nước qua giá, phí dịch vụ sự nghiệp công như hiện nay theo hướng tính đủ tiền lương, chi thường xuyên phù hợp với khả năng của ngân sách nhà nước (NSNN) và thu nhập của người dân.

Theo đó, Bộ Tài chính và một số Bộ, ngành đã nhất trí, những đơn vị SNCL đã đủ điều kiện tự chủ thực hiện nhiệm vụ, tài chính, tổ chức bộ máy, nhân sự có thể chuyển sang hoạt động theo cơ chế DN, được Nhà nước đặt hàng cung cấp dịch vụ công nhằm từng bước tạo sức ép tự chủ cho các đơn vị sự nghiệp công lập.